Japan-Places.com ha enumerado aproximadamente 133 Museo de historia natural en Japón. Algunos de los Museo de historia naturalmejor calificados en Japón son- Museo de dinosaurios de la prefectura de Fukui, Museo Parque Museo Natural de la Prefectura de Ibaraki, Museo Parque Museo Natural de la Prefectura de Ibaraki, Museo de Historia Natural e Historia Humana de Kitakyushu, Museo de Historia Natural de la Prefectura de Kanagawa, La Institución de Renovación Humana y Reducción de Desastres en Memoria del Gran Terremoto de Hanshin-Awaji, Museo de Historia Natural de Gunma, Museo de la Prefectura de Mie, Museo de la Naturaleza de la Prefectura de Saitama & Museo de Historia Natural de la Prefectura de Wakayama.